Nếu lựa chọn một hệ thống SCM sai có thể sẽ ảnh hưởng đến toàn bộ hoạt động kinh doanh của công ty, từ nguyên liệu sản xuất đến hệ thống phân phối.
Hệ thống SCM không tương thích với các công cụ quản trị như hệ thống sổ sách, các phần mềm kinh doanh đang được sử dụng có thể dẫn đến việc phá hủy toàn bộ hoạt động kinh doanh.
Các hình thức kinh doanh với đa chi nhánh, đối tác, văn phòng đại diện có thể dẫn tới sự xáo trộn không phân tích nổi.
